Το σπήλαιο Αγιάς Σοφιάς, βρίσκεται 47 χιλιόμετρα νοτιοδυτικα της Κρήτης. στο φαράγγι των Τοπολιών. Στην είσοδο του σπηλαίου, υπάρχει ένα εκκλησάκι προς τιμήν της Αγίας Σοφίας. Η είσοδος έχει άνοιγμα 25 μέτρα, ενώ το ύψος του σπηλαίου φτάνει στ 20 μέτρα.
Αρχαιολογίκα το σπήλαιο παρουσιάζει μεγάλο ενδιαφέρον και σπουδαιότητα, καθώς έχουν βρεθεί όστρακα νεολιθικής, κλασσικής και ρωμαικής περιόδου. Επιπρόσθετα, έχουν βρεθεί κεραμικά νεολιθικών, πρωτομινωϊκών, υστερομινωϊκών, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων και ένα πήλινο ειδώλιο του 4ου αιώνα π.Χ.
Το σπήλαιο είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακό λόγο του ύψους του και είναι γεμάτο με σταλακτίτες και σταλαγμίτες.
Το Σπήλαιο της Αγίας Σοφίας φιλοξενεί την αράχνη Pholcus creticus, ένα σπάνιο είδος.
