Το υποθαλάσσιο σπήλαιο Ελεφάντων, βρίσκεται στην περιοχή Δρέπανο Ακρωτηρίου και έξω από τον κόλπο της Σούδας.Το σπήλαιο ανακαλύφθηκε το 1999 και η Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας, οργάνωσε την πρώτη αποστολή εξερεύνησης του σπηλαίου στις 31 Μαρτίου 2000.
Τα ευρήματα ήταν εκπληκτικά,καθώς εκτός από την φανταστική ομορφιά του σπηλαίου, βρέθηκαν σε αυτό οστά ελεφάντων και ελαφιών.
Το σπήλαιο έχει διανοιχτεί σε Μεσοζωικούς ασβεστόλιθους. Η είσοδος της σπηλιάς βρίσκεται σε βάθος 10 μέτρων από την επιφάνεια της θάλασσας και συνεχίζει σε ένα τούνελ μήκους περίπου 40 μέτρων. Το υπόλοιπο τμήμα, μήκους 125 μ. και μέσου πλάτους 25μ., το οποίο αποτελεί και την κύρια αίθουσα του σπηλαίου, έχει, λόγω της μορφολογίας του, εν μέρει κατακλυστεί από ύδατα. Το βάθος του πυθμένα σε αυτή την αίθουσα κυμαίνεται από λίγα εκατοστά ως 4 μ., ενώ το ύψος της οροφής πάνω από την επιφάνεια του νερού ξεπερνά σε ορισμένα σημεία τα 10 μ.
Η πρόσβαση στο Σπήλαιο των Ελεφάντων είναι εφικτή μόνο με σκάφος και η είσοδος στην κύρια αίθουσά του πραγματοποιείται μετά από κολύμπι 40 μέτρων σ’ ένα υποβρύχιο τούνελ. Η σπηλιά είναι γεμάτη από σταλακτίτες, κοκκινοπού χρώματος, το οποίο οφείλεται στην περιεκτικότητα αλουμινίου και σιδήρου στα πετρώματα του σπηλαίου.
Η μελέτη ιζημάτων που πραγματοποιήθηκε,έδειξε ότι το σπήλαιο σε παλαιότερα χρόνια ήταν στεγνό. Επιπρόσθετα, ο αέρας που υπάρχει μέσα στη σπηλιά είναι αναπνεύσιμος.
Από τα σημαντικότερα ευρήματα ήταν το παλαιοντολογικό υλικό που βρέθηκε, το οποίο αποτελείται από οστά ελεφάντων και ελαφιών. Από τις μετρήσεις που πραγματοποιήθηκαν, πρόκειται για ένα νέο είδος το οποίο ονομάστικε Elaphas chaniensis . Το μέγεθος του διαφέρει από αυτό του σημερινού είδους ελέφαντα. Το ύψος του ήταν 3 μέτρα, με χοντρότερα οστά και περισσότερο γεροδεμένο σώμα. Η ηλικία του μέχρι στιγμής προσδιορίζεται στα 50.000-60.000 χρόνια. Η μετανάστευση αυτών των ειδών στον Ελλαδικό χώρο, προσδιορίζεται ότι έγινε πριν από 15 εκατομμύρια χρόνια, όταν υπήρχε ενιαία γη από την περιοχή του Ιονίου μέχρι τις ακτές της Μικράς Ασίας.
Όσον αφορά, από την έρευνα που πραγματοποιηθηκε στα οστάτων ελαφιών, αποδύχθηκε ότι ανήκουν σε κανονικού μεγέθους ελάφια αλλά και σε νάνα ελάφια, ύψους 30 εκατοστών. Πιστεύεται δε, ότι η υπερβολική αύξηση του πληθυσμού των ελαφιών,μείωσαν κατά πολύ τα αποθέματα τροφής με αποτέλεσμα να οδηγήσουν σε εξαφάνιση τους ελέφαντες της περιοχής. Αυτό επιβεβαιώνεται και από το γεγονός ότι μέσα στο σπήλαιο, τα οστά των ελεφάντων βρέθηκαν σε χαμηλότερα στρώματα από τα οστά των ελαφιών και άλλων μικρότερων θηλαστικών.
Στο σπήλαιο πραγματοποιούνται καταδύσεις, μέσω καταδυτικών κέντρων που ξεκινούν από την παραλία του Κουταλά και η εμπειρία είναι πραγματικά μοναδική.
Σήμερα το Σπήλαιο των Ελεφάντων αποτελεί καταφύγιο της μεσογειακή φώκιας Monachous monachous, που είναι και το σπανιότερο είδος φώκιας στον κόσμο και ένα από τα έξι περισσότερο απειλούμενα είδη του πλανήτη μας.